A Bánki Donát Utcai Általános Iskolát 1963-ban alapították. Uránváros ebben az időszakban dinamikusan fejlődő új városrész volt. Az urán- és a szénbányászat jó megélhetési lehetőséget biztosított az itt élő fiatalok számára. Az iskolához tartozó körzetben igen sok gyermek lakott. Az iskola oktatási kínálata, a szinte kezdetektől működő és akkor még különlegességnek számító német tagozat szintén fontos vonzerőnek bizonyult a körzeten kívüli gyermekek számára is. A társadalmi változások következtében azonban a korábbi jelentős gyereklétszám erőteljesen lecsökkent. Az Uránváros általános iskoláinak jobb kihasználtsága érdekében 1996-ban összevonásra került az Esztergár Lajos Utcai és a Bánki Donát Utcai Általános Iskola. Az összevonás következtében a gyermek- és a pedagógus létszám újra magasra emelkedett. Előre látható volt azonban, hogy a születésszám csökkenésével a tanulólétszám is tovább csökken. Jelenleg az iskola 440 tanulója 17 osztályban és 10 napközis csoportban tanul 37 nevelő irányításával. 2004-ben a „XXI. század iskolája” pályázat keretében az iskola felújításra került. A két épületszárny közé építettek egy új aulát, felújították a tantermek villamos hálózatát, kifestettek minden tantermet, valamennyi vizesblokk felújításra került és a tantermekben lévő parkettát felcsiszolták és lelakkozták. A 2007/2008. tanévben Pécs város közoktatási intézményeinek átszervezésére került sor. Ennek keretében a Bánki Donát Utcai Általános Iskola a Mecsekaljai Óvoda, Általános Iskola és Középiskola integrált intézmény részévé vált, azóta annak székhelyintézményeként működik.

2013 január 1-jétől az állami fenntartásba kerülést követően iskolánk neve:  Mecsekaljai Általános Iskola Székhelyintézménye.

Az iskola tárgyi feltételei kedvezőek: Fizika és kémiai előadó, iskolai könyvtár, uszoda, két tornaterem, két sportudvar, orvosi szoba, fejlesztőszoba, technika tanterem, tanulói konyha, két informatika terem, információs és kommunikációs technikával (IKT) ellátott tantermek biztosítják a tanulás feltételeit. Az iskola földrajzi elhelyezkedése is kedvező, tömegközlekedési eszközökkel jól megközelíthető. Az iskolában a Kontrasztok Alapfokú Művészetoktatási Intézmény az érdeklődő tanulók számára a délutáni órákban zeneiskolai oktatást biztosít. Tanulóink többségében szakközépiskolákban folytatják tanulmányaikat, de jelentős a gimnáziumokban továbbtanulók létszáma is. Az iskola a 2009/2010. tanévben a fenntartó Pécs Megyei Jogú Város önkormányzata a TÁMOP „Kompetencia alapú oktatás, egyenlő hozzáférés – Innovatív intézményekben” c. pályázati programja egyik kedvezményezett oktatási intézménye volt. A program keretében az iskola a 2009/2010. tanévben bevezette a kompetenciaalapú oktatást, 2015-ig pedig kötelezően vállalta a program fenntarthatóságát.

2017. szeptember 1-től, a Pécsi Tankerületi Központ fenntartói jogkörében átszervezte Mecsekaljai Általános Iskolát, a székhelyintézményből kiváltak az addigi tagintézmények és önálló intézményként működnek tovább, kivétel az Orfűi Fekete István Általános Iskola, mely a korábbi székhelyintézmény tagiskolája maradt, mint a Pécsi Bánki Donát Utcai Általános Iskola Fekete István Tagiskolája. Az eddig székhelyintézményként működő intézmény új nevet kapott: Pécsi Bánki Donát Utcai Általános Iskola.

A 2017/2018. tanév jelentkeztünk az EFOP-3.2.4-16-2016-00001 azonosító számú, „Digitális kompetencia fejlesztése” című pályázat megvalósítására, melynek keretében megvalósulhat:

• a tanulás-tanítás pedagógiai módszertanának megújítása: a digitális pedagógia elterjesztése érdekében a pedagógusaink módszertani tudásának célzott fejlesztése továbbképzések keretében.
• a korszerű informatikai infrastruktúra biztosítása iskolánk számára.
• a korszerű pedagógiai módszerek szerinti tanítási-tanulási folyamat támogatása a WiFi lefedettségének biztosításával.2017 nyarán Pécs Megyei

Jogú Város Önkormányzata közgyűlési döntést hozott arról, hogy pályázatot nyújt be a Pécsi Bánki Donát Utcai Általános Iskola épületének teljes energetikai korszerűsítésére.